L'histoire de la synesthésie est très confuse. En effet, beaucoup de sources se contredisent au sujet des scientifiques ayant découvert et redécouvert la synesthésie. Nous avons tout de même pu retracer une chronologie.
Le premier scientifique a avoir rapporté un cas de synesthésie est l'ophtalmologiste du roi Jacques II d'Angleterre docteur Thomas Woolhouse (1650-1734) en 1710. C'était un jeune homme aveugle qui pouvait tout de même percevoir des couleurs lorsqu'il entendait des sons. Ce fus le premier cas de synesthésie recensé. Ce phénomène était appelé à l'époque synopsie (aujourd'hui on l'appelle chromesthésie ou synesthésie son-->couleur).
Cependant, ce ne fut qu'à partir des années 1880 avec Francis Galton (1822-1911), un anthropologue, explorateur, géographe, inventeur, météorologue, proto-généticien, psychométricien et statisticien britannique, que la synesthésie fut reconnue. L’intérêt pour la synesthésie à alors été à son apogée. En effet, des chercheurs du monde entier ( américains, anglais, français, allemands...) se sont penchés sur ce phénomène pour l'étudier sérieusement. Cet intérêt fut néanmoins stoppé dans les années 1930 du fait des difficultés pour prouver et étudier cette spécificité. La synesthésie a été "redécouverte" en 1976 par Richard Cytowic (1952-auj), un neurologue américain qui a fait la première étude neurophysiologique sur des sujets synesthètes. Les nouvelles recherches sur la synesthésie furent menées aux Etats-Unis par Richard Cytowic et Larry Marks et en Angleterre par Simon Baron-Cohen (1958-auj) et Jeffrey Gray. Baron-Cohen, un professeur de psychopathologie du développement, et son équipe ont été les premier à développer le test de l'authenticité, ils ont confirmé l’existence de cette spécificité grâce à la neuro-imagerie et ont établis qu'il s'agissait d'une condition héréditaire.
Grâce à la neuro-imagerie, les chercheurs ont enfin pu valider ce qui se passe lors des synesthésie au niveau des aires corticales.
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